El Grupo Especializado de Trabajo (GET) en Saneamiento se enfoca en el impulso, seguimiento y difusión de los proyectos y programas que fortalecen el derecho humano al acceso al agua potable y saneamiento. A través del GET en Saneamiento se busca recopilar información actualizada sobre el estado de las Plantas de Tratamiento de Aguas Residuales (PTAR) para conocer la cobertura de saneamiento en los municipios de la cuenca del Río Santiago. También se le da seguimiento a programas estratégicos de saneamiento que atienden las zonas afectadas por la contaminación, como es el programa “Revivamos el Río Santiago” del Gobierno de Jalisco. Además, se busca impulsar la participación en las actividades del GET de instituciones académicas y especialistas en la materia, así como organizaciones de los diferentes sectores productivos, con la finalidad de involucrar a todos los actores para conocer y coordinar acciones enfocadas a incrementar los niveles de saneamiento en la región.